A administração operacional da Unimed São José do Rio Preto é executada pela Diretoria Geral de Operações, a qual deve prestar contas ao Conselho de Administração.
Cabe a essa Diretoria exercer a gestão dos negócios da Cooperativa, de acordo com a missão, os objetivos, as estratégias e diretrizes fixadas pelo Conselho.
Estrutura Organizacional
WEBER GUIMARÃES
Diretor Executivo Geral de Operações
As Diretorias abaixo se reportam ao Diretor Geral de Operações.
JOÃO CARON
Diretor de Operações Assistenciais 
SANDRO AUGUSTO GÓES
Diretor Administrativo Financeiro